Proteomik

Etablierte Arbeitstechniken für Proteomik Projekte

Unser Serviceangebot umfasst unter anderem:

Entwicklung von Software für die Bildanalyse von 1D- und 2D-Gelen
Eine unserer Entwicklungen ist eine Auswertesoftware für die Bildanalyse von 1D-Gelen, die in der Dopingkontrolle für die Erfassung von rekombinanten Erythropoietinen verwendet wird. Sie wird seit den Leichtathletik-Weltmeisterschaften 2005 (Helsinki) und den Olympischen Winterspielen 2006 (Turin) erfolgreich eingesetzt.

Quantitative Proteomik für das Auffinden von Biomarkern
Multidimensionale Trenntechniken sind eine der Schlüsseltechniken für die Quantifizierung niedrig abundanter Proteine und zur umfassenden Charakterisierung von Proteomen. Unsere Workflows umfassen sowohl gelbasierte als auch gelfreie Techniken.

Die Methoden werden anhand der Fragestellungen und des Bedarfes des Kunden ausgewählt. Basis ist die Markierung mit Stabilisotopen sowohl auf der Ebene von intakten Proteinen als auch auf Peptidniveau nach enzymatischer Spaltung. Es werden unter anderem folgende Workflows angeboten: SDS-PAGE-MS, IPG-MS, 2D-PAGE-MS, multidimensionale Chromatographie (mRP, SCX, RP, Perfusionschromatographie, Multiaffinitäts-Chromatographie, etc.).

Die Quantifizierung erfolgt üblicherweise mit HT-MALDI TOF/TOF Massenspektrometrie oder neuesten ESI-Techniken (zB PQD, HCD) und unter Einsatz aktueller Software auf dem Gebiet der Bioinformatik.

Charakterisierung und Identitätsnachweis von rekombinanten Protein- und Peptid-Pharmazeutika (Biosimilarity-Studien)
Die Identität von generischen Pharmazeutika, die auf Proteinen bzw. Peptiden basieren, müssen strengstens überprüft werden. In unserem Labor werden Generika mit nicht-generischen Präparaten verglichen (zB Erythropoietin, hCG, hGH, LH, FSH). Dafür wird eine Kombination aus orthogonalen Techniken angewandt (zB IEF-PAGE, 2D-PAGE, ESI-MSn, MALDI-TOF MS/MS, HPLC mit monolytischen Säulen).

Proteomic Profiling und Klassifizierung
Hier wird hochauflösende Massenspektrometrie für die Bestimmung akkurater Massen eingesetzt. In jeder Probe werden mehrere Tausend charakteristische Massen statistisch evaluiert und für Diskriminanz- und Clusteranalysen herangezogen.

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